Gli esemplari presenti nel Museo solo in minima parte sono esposti al pubblico, la maggior parte di essi è custodita nelle collezioni di studio che costituiscono un irrinunciabile archivio naturalistico per approfondire la conoscenza sui mutamenti dell'ambiente, sull'evoluzione delle specie e sulla distribuzione delle specie attuali, oltre alla conoscenza di specie ormai scomparse. Questo materiale è disponibile per gli studiosi e gli appassionati delle discipline naturalistiche. Nelle raccolte sono presenti alcune migliaia di esemplari pervenuti nelle collezioni civiche dall'istituzione del primo nucleo museale bergamasco costituitosi presso il Regio Istituto Tecnico nel 1861. Alcuni reperti presentano grande interesse storico. L'Istituto di Zoologia conserva e studia collezioni zoologiche che raccolgono esemplari provenienti da tutto il mondo ed esemplari tipici della fauna bergamasca. Sono ben rappresentate tutte e cinque le classi dei vertebrati. Tra gli invertebrati è di grande importanza la ricchissima collezione di artropodi, che raccoglie più di un milione di reperti, all'interno della quale rivestono un'importanza notevole le raccolte di aracnidi e insetti.